근미래 일본, 고2 여름방학을 맞이한 평범한 소년 마나츠 다이치는 TV를 시청하던 중 어린 시절의 복잡한 추억이 깃든 인연 있는 땅, 타네가시마 상공에 기이한 형상의 무지개가 돌연히 나타났다는 뉴스를 접한다. 옛날 저것과 똑같은 무지개를 목격했던 기억을 불현듯 떠올리고 격렬한 충동에 이끌려 홀로 타네가시마를 방문한 다이치는 일련의 과정을 거쳐 그곳에서 조우한 수수께끼의 거대 로봇 '어스 엔진'의 조종사로 선택받고 다시 만난 옛 친구들과 팀을 결성하여 지구를 위협하는 수수께끼의 외계 생명체 '킬트강'과의 싸움을 시작한다.